腹泻病占全球儿童总死亡率的9%，每年约有44.6万5岁以下儿童死亡。在撒哈拉以南的非洲和印度次大陆多个地点进行的旨在评估腹泻病负荷及其病因的全面流行病学研究表明，隐孢子虫原虫是幼儿腹泻病和死亡的主要原因；而人类隐孢子虫和小隐孢子虫是人类隐孢子虫感染的主要原因。急性隐孢子虫感染估计每年导致幼儿48,人死亡，并损失万伤残调整生命年(DALYs)。隐孢子虫感染还与儿童生长迟缓有关。然而，这种疾病并不局限于低收入国家；尽管有先进的水处理技术，隐孢子虫病在美国和欧洲也很常见。美国半数以上的水传播疾病都是由隐孢子虫引起的，通常与娱乐用水有关，环境中的部分隐孢子虫孢子样卵囊已经对氯化反应具有抗药性。隐孢子虫长期以来也被认为是一种机会性病原体，可导致免疫功能低下的人(如艾滋病毒/艾滋病患者或器官移植受者)受到威胁生命的感染。
目前治疗隐孢子虫病的选择很少，而且没有可用的疫苗。FDA仅批准了一种治疗隐孢子虫病的药物硝唑胺。硝唑胺可适度加速免疫能力个体的康复。然而，对于那些最需要它的病人：营养不良的儿童和免疫功能低下的人，它无法起到治疗效果。最近对隐孢子虫病的全部公共卫生负担的认识，提升了对隐孢子虫病的
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